Počas týchto rokov sa zrealizovala komplexná rekonštrukcia vonkajšej
fasády, veže, nároží a balustrád, vnútri rekonštrukcia malieb, knižnice,
presbytéria, vitráží i hlavného oltára. Ten je najvyšším dreveným
gotickým oltárom na svete a jeho autorom je Majster Pavol z Levoče.
Zdroje na obnovu chrámu získali v Levoči z rôznych zdrojov, od viacerých
ministerstiev, vlády, nemeckej nadácie Messerschmitt, ale aj z
milodarov či vstupného a ďalších externých zdrojov.
Dekan levočskej farnosti František Dluhoš upozornil, že práce v interiéri kostola sa začali ešte v 90. rokoch minulého storočia. „V zime, keď padal sneh, tak sa cez poškodené vitráže sypal kňazom i miništrantom za krk,"
spomína dekan na obdobie pred rekonštrukciou. Kostol ešte podľa neho
čakajú elektrifikácia, obnova podlahy, lavíc, či vyčistenie baziliky a
je potrebné tiež dokončiť oratórium a pokračovať budú aj práce na
ďalších oltároch. „Ľudia, ktorí sem prídu raz za čas, vidia obrovský pokrok. Aj my vnímame zmeny, hoci sa na kostol pozeráme dennodenne,“ dodal dekan, ktorý v Levoči slúži už 36 rokov.